Come la biblioteca, anche l’archivio storico dell’Accademia ha origine nelle Costituzioni del 1752, che imponevano ai candidati soci la presentazione di una memoria in vista dell’aggregazione e agli accademici il deposito dei manoscritti delle pubbliche letture.
Solo nel XIX secolo, tuttavia, l’archivio accademico guadagnò una maggiore articolazione, comprendendo via via registri dei verbali, fascicoli di corrispondenza e registri di protocollo, documentazione amministrativa e contabile, fascicoli personali dei soci.
La gestione dell’archivio non fu mai rigorosa, a causa dell’assenza – fino agli anni Ottanta del Novecento – di un ufficio stabile di segreteria. Di conseguenza nel corso dei secoli si accumularono tentativi parziali e contraddittori di ordinamento che resero, fino a pochi anni fa, praticamente inconsultabile e inutilizzabile il ricco materiale documentario dell’Accademia. Sin dalla metà dell’Ottocento, accanto all’archivio proprio dell’ente trovarono posto negli scaffali accademici, per via di donazioni e acquisizioni, diversi archivi aggregati, per lo più appartenenti a persone fisiche o a famiglie. Tra questi si possono ricordare almeno gli archivi dell’accademico settecentesco Giovanni Battista Graser, del poeta e patriota Francesco Antonio Marsilli, dell’archeologo Federico Halbherr, del latinista Vigilio Inama, nonché l’imponente raccolta di autografi di personalità illustri donata da Edoardo Marsilli. Non di rado, documenti afferenti all’archivio proprio dell’Accademia e ad archivi personali finirono con il mischiarsi e il confondersi. Infine, nei primi quindici anni del Novecento, gli Agiati si resero protagonisti di un tentativo di costituire presso l’Accademia una sede della memoria territoriale ospitando gli archivi notarili e gli archivi comunali del distretto di Rovereto. Tutti questi fondi dovettero però essere restituiti al termine della prima guerra mondiale. Tra 1995 e 1999 l’archivio accademico e gli archivi aggregati sono stati oggetto di un radicale intervento di ordinamento e inventariazione, teso a distinguere i diversi fondi conservati presso l’ente e a costituire o ricostituire le serie e le unità archivistiche. Al termine dell’intervento, eseguito da Marcello Bonazza con la supervisione della prof. Paola Carucci, sovrintendente all’Archivio centrale dello Stato, il materiale archivistico ha trovato posto in 335 scatole e in 1415 tra fascicoli e volumi, suddivisi nelle quattro grandi sezioni dell’archivio proprio dell’Accademia (fino al 1987), degli archivi personali aggregati, delle donazioni e della miscellanea. L’inventario del contenuto, insieme ad un’ampia introduzione sulla storia dell’archivio e a numerosi strumenti per la consultazione, è ora pubblicato in M. BONAZZA (ed.), Accademia roveretana degli Agiati. Inventario dell’Archivio (secc. XVI-XX), Trento: Provincia Autonoma di Trento, Servizio beni librari e archivistici, 1999.